本發明為一種兒童先天性心臟超音波影像目標檢測系統及其方法，包含一心臟超音波影像資料庫包含有複數心臟超音波影像；一移除模組移除心臟超音波影像的病患資訊；一加密模組將一加密鑰匙賦予給心臟超音波影像；一深度學習模組區分該心臟超音波影像；以及一標示模組將心臟超音波影像標示出至少一感興趣位置。本發明利用卷積神經網路與深度學習，以迅速且準確地透過心臟超音波影像，找出胎兒或新生兒的冠心症，藉以降低人為的誤判。
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